1. Вы принимаете решение. Подкрепляете его приказом. Естественно, как указано в вопросе, собираете заявления студентов.
2. Создаете интегрированный учебный план, в котором указываете, что из изученного и в каком объеме вы перезачтете студентам, а что продолжите изучать.
3. Проводите коррекцию образовательной программы.
4. Проводите перезачет студентам прошлых результатов, чтобы можно было впоследствии вносить эти результаты в приложение к диплому в соответствии с новым ФГОС